Diesjähriger RESIST-Bioinformatik-Sommerschule schaut auf die Basics
„Bioinformatik ist die Kunst, Daten zu verarbeiten und visualisieren, um neue Erkenntnisse der Biologie und Medizin zu erlangen“, sagt Prof. Otto von der Universität Glasgow. Er hat – wie auch schon im vergangenen Jahr – den diesjährigen von RESIST finanzierten Bioinformatikkurs vom 22. bis 26. Juni in der MHH geleitet. Darin konnten 17 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler lernen, wie man „sequenzing reads“ – mit einer einzelnen Sequenzierreaktion ablesbare Bereich einer DNA oder RNA – in Linux verarbeitet, um die Daten dann mit Hilfe der Programmiersprache R zu analysieren.
In dem Kurs gibt es insbesondere um die Verarbeitung von Daten im Betriebssystem Linux. „Die Teilnehmenden haben gelernt, Rohdaten richtig zu verarbeiten, die mit Sequenzierungsmaschinen erstellt werden“, erläutert Prof. Otto. Ein Augenmerk lag auf der Visualisierung dieser Daten, um mögliche Besonderheiten zu erkennen. Diese Schritte wurden auf dem High Performance Computing Cluster der MHH „Leine“ prozessiert. Es ging beispielsweise darum, Mutationen zu finden, um zu verstehen, warum ein Parasit gegenüber einem Medikament resistent ist oder welche Auswirkung das Ausschalten eines Genes hat.
Wie im vergangenen Jahr war ein Kursinhalt auch die Verarbeitung von Expressionsdaten in der Programmiersprache R. Gegen Ende des Kurses konnten die Teilnehmenden ihre eigenen Daten verarbeiten und präsentieren. „Verglichen mit vergangenen Jahr standen hier mehr eigene Daten zur Verfügung, was die Innovationen in RESIST widerspiegelt“, sagt Prof. Otto. Unterstützt hat ihn Erik Fuhrmann als tatkräftiger Tutor und an der Organisation des Kurses waren das RESIST-Management und Prof. Depledge maßgeblich beteiligt.